他社サーバやストレージ上でもCLUSTERPROのサポート対象となりますか？

基本的にはサポートしますが、他社サーバやストレージ固有の問題については対応できない場合があります。
ソフトウェアだけでなくハードウェアも含めてNECで統一することをお勧めいたします。