想定外の時間にセッションがタイムアウトしているのかデータが消えてしまいます。WebOTXがセッションデータをけすことはないでしょうか？
また、セッションのタイムアウト時間をチェックするにはどこを確認すればいいでしょうか？複数在る場合は優先順位も教えてください。

アプリケーションからのHttpSession..invalidate()の実行でセッションデータを消す事はありますが、WebOTXがタイムアウト以外にセッションデータを消すことはありません。
セッションタイムアウト時間は次の設定箇所、優先順で設定されます。

　　優先度
　　 高 ServletからのHttpSession.setMaxInactiveInterval()
　　 ↓ WEB-INF/web.xml
　　 ↓ WEB-INF/nec-web.xml
　　 低 {domainディレクトリ}/config/default-web.xml

例1) default-web.xmlには60分、web.xmlには40分のタイムアウト時間が設定されている場合、このWebアプリケーションのセッションタイムアウト時間が40分となります。

例2) default-web.xmlには60分で他に設定が無い場合、全てのWebアプリケーションのセッションタイムアウト時間は60分となります。

例3) efault-web.xmlを含め、設定が何も無い場合は既定値の30分が適用されます。

各記述子への設定方法についてはマニュアルを参照してください。
V8.1 (WebOTX Online Manual V8.1 (第9版)以降)の場合
　[ 運用編 > 4. コンフィグレーション > コンフィグレーション(設定一覧) > 5.5.2.2.セッションのタイムアウト時間 ]
V8.2の場合
　[ 運用編 > 4. コンフィグレーション > コンフィグレーション(設定一覧) > 5.7.2.2.セッションのタイムアウト時間 ]
V8.3～V9.5の場合
　[ リファレンス集 運用管理・設定編 > 1. コンフィグレーション(設定一覧) > 1.4. Webコンテナ > 1.4.7.2.WebOTXの基本的な設定 > セッションのタイムアウト時間 ]
V10の場合
　[ リファレンス > 設定 > 4. Webコンテナ > 4.6. HTTPセッション管理について > 4.6.2.2. セッションのタイムアウト時間 ]

また、上記タイムアウト以外のセッションデータを消す手段として、WebアプリケーションからのHttpSession.invalidate()呼び出しがあります。

【対象製品】Application Server
【確認済みのバージョン】V6～V10
【確認済みのエディション】すべて
【確認済みの対象OS】すべて
【確認済みのJavaバージョン】すべて
【コンポーネント】Webコンテナ
【カテゴリー】運用/設定