入力ファイルと出力ファイルに同じファイルを指定できますか?

可能です。ただし、実行途中で処理が中断されますと入力ファイルの内容は保証されません。重要なファイルの場合は、あらかじめバックアップを取っておくか、出力ファイルを別に指定するようにしてください。