GUIで設定したパラメータを保存しておいて、後で使えますか?

「ファイル」メニューの「名前を付けて保存」を選択してパラメータをファイルに保存してください。保存したパラメータを使う時は「ファイル」メニューの「開く」を選択してパラメータファイルを読み込むと、設定したパラメータを復元できます。
また、GUIで作成したパラメータファイルは、コマンドラインから使用することもできます。