SNMPサービスの設定で追加したコミュニティが ServerAgentのコントロールパネルの SNMPコミュニティ名のダウンリストに出てこないのですが…

SNMPコミュニティ名のダウンリストで選択するのは「トラップ送信先のコミュニティ」ではなく、「受け付けるコミュニティ」です。
「受け付けるコミュニティ」はSNMPサービスのセキュリティ設定で登録するコミュニティです。