設定に誤りがある可能性があります。BIOSのメニューからWake On Lanの設定内容を確認して下さい。
Express5800/Bladeサーバでは、既定値でWake On Lanの設定がされていますが、
装置によっては、OSがWindows2000以上の場合にシャットダウンを行うとWakeOnLANできないものがあります。
詳しくは装置に添付されているユーザーズガイド又はNEC8番街のサイト(http://www.express.nec.co.jp)から
「サポート情報」→「商品情報・消耗品」→「WhitePaper」→「Remote Wake Up機能対応一覧」を参照して下さい。