ServerProtect との連携時に、ExpressMail の メールディレクトリとキューディレクトリを検査対象外にしてもウィルスの検査はできますか。

メールディレクトリとキューディレクトリを検査対象外にしても検査できます。
なお、メールディレクトリとキューディレクトリを検査対象外にしない場合は、ExpressMailでウィルス付きのメールを受信した時の動作は保証されませんので必ず、検査対象外として下さい。