サーバが起動するのに非常に時間がかかってしまいます。

下記２件の可能性があります。
(1)仮想ドメインの名前解決ができない場合に、タイムアウト処理の発生まで処理の待ち合わせをしています。この場合は、名前解決ができるようにDNSサーバ等の変更を行う必要があります。システム > 名前解決診断などでDNSサーバなどの設定が正しいか、確認して下さい。
(2)Webalizerのログ解析処理に時間がかかる場合があります。/var/log/httpd 配下のファイルを処理しますが、20MBにつき約1～2分かかります。こちらは多くの場合「starting ESMntserver」メッセージが表示されるところで止まってしまいます。
(2)に付きましては下記の対処方法があります。
（MWの場合）
  Management Console のシステム > Webアクセス統計で動作を止めたり、好きな時間に実行時間を変更できます。
（MailWebServerの場合）
  /etc/rc.d/rc3.d/S37wbmcinit 中の下記の行をコメントアウトします。
    /opt/nec/wbmc/bin/wbmcwebalizer2 > /dev/null 2>&1 &
    ↓下記に変更。
    #/opt/nec/wbmc/bin/wbmcwebalizer2 > /dev/null 2>&1 &