ESMPRO/ServerManagerとESMPRO/ServerAgentのバージョンが異なる場合、ESMPROの運用に影響があるでしょうか。

ESMPRO/ServerManagerがESMPRO/ServerAgentと同じかそれ以降のバージョンであれば問題ありません。
ESMPRO/ServerManagerがESMPRO/ServerAgentより古いバージョンの場合、追加されたアラートが受信できない、または情報が参照できないなどの問題が発生するため、  必ずESMPRO/ServerManagerのバージョンアップを行ってください。