ドメイン環境でのESMPROの運用で注意することはありますか。

ESMPRO/ServerManagerはESMPROユーザグループ(デフォルト Administrators)によりセキュリティの管理を行っているため、この情報にアクセスできないと動作しません。
ESMPROユーザグループをグローバルグループとして登録している場合は、ServerManagerマシンを起動するまえにドメインコントローラを起動しておく必要があります。