「ローカルユーザとグループ」よりESMPROユーザグループを作成した後、ESMPRO/ServerManagerをインストールしました。
セットアップ終了後、このサーバをActive Directory化するため、ドメインコントローラに昇格すると、「ローカルユーザとグループ」に以下のメッセージが表示されました。
 「コンピュータ*******はドメインコントローラです。ドメインコントローラでこの スナップインは使用できません。ドメインアカウントは、Active Directoryユーザー とコンピュータのスナップインで管理します。」

このとき、スタンドアロン時に作成されたESMPROユーザグループはどうなるのでしょ うか？ESMPRO/ServerManagerの動作に影響はないのでしょうか？

サーバをドメインコントローラに昇格すると、スタンドアロン時に作成されたESMPROユーザグループにアクセスできなくなるため、ESMPRO/ServerManagerは動作しません。
 いったんアンインストール後、再度インストールを行う必要があります。
運用上の理由から別途監視用マシンをご用意いただき、ドメインコントローラとは別 マシンで運用することをお勧めします。