Webコンポーネントのアラートビューアでカラム設定の適用を行うと、1ページあたりに表示する件数の設定まで変わってしまいました。

カラムの設定画面を表示したまま、1ページあたりに表示する件数の設定を変更すると、カラム設定の適用を行ったときに、もとの設定に戻ってしまいます。
カラムの設定画面を(必要なら適用を行った後に)閉じて、表示する件数の設定を変更 してください。