ETOSJX-PGやメニューバーから表示フォントの変更を行っても、MS明朝から他のフォントに変更されません。原因と対処方法を教えてください。

コード変換テーブルを使用している可能性が考えられます。コード変換テーブル使用時は、コード変換テーブル作成ツール（JIPSTOOL)で指定したフォント(ご質問では"MS明朝")固定で表示を行います。
ETOSJX-PGのメニュー「リソースパラメータ」－「コード変換テーブル指定」で、コード変換テーブルの使用有無を確認してください。
コード変換テーブルを使用している場合は、コード変換テーブル作成ツールのメニュー「フォント選択」で、指定のフォントを確認後、ご希望のフォントへ変更してください。