上記問題の原因としては、以下の可能性が考えられます。
(1)Windowsの仕様変更
下記URLに情報公開されているように、Windows98,Windows2000およびそれ以降のWindowsでは、アプリケーションがアクティブなウィンドウを横取りさせない様、仕様が変更されました。申し訳ございませんが、この原因に該当する場合はWindowsの仕様による現象のため、回避策はありません。
http://www.microsoft.com/japan/developer/windows2000/technologies/ac-win2kcompat/ac-setforeground.asp
(2)分散APが@EENA/ET_ENAを実行する前に、ホストからスタートコマンドを受信した
この原因に該当する場合は、ホストからスタートコマンドの送信を遅らせる、あるいは、分散APの@EENA/ET_ENA実行を早めることで、回避できる可能性があります。
また、分散APが@EENA/ET_ENAを実行し特定のデータを@ESND/ET_SND後、ホストがスタートコマンドを送信するなど、分散APとホストが同期をとることによって、回避することができます。