StarOffice Xではユーザ数によって、ライセンスをカウントしている認識ですが、削除されてディレクトリメンテナンスツールのゴミ箱にいる状態のユーザもライセンスのカウントに含まれるのでしょうか？
また、ゴミ箱からもいなくなったユーザはライセンスのカウント対象から除外される認識で間違いありませんでしょうか？

システムに登録されているユーザ数分だけユーザライセンスが必要になります。
従いまして、ごみ箱にユーザが存在する場合でもそのユーザ数分はライセンスが必要になります。
ただし、MNTMASTERなど管理者アカウントは対象外となり、ユーザライセンスを消費しません。