ExpressのIMAP接続でメール受信すると「メッセージがサーバにありません」という表示となり、メッセージに削除マークがついて、メールを取り出すことができません。

Outlook Express の設定(*)で、[同期設定]を [ヘッダーのみ] 以外にしてください。
(*) Outlook Express 6.00.2800.1123 では、[受信トレイ]フォルダ上で、右クリックメニューで表示されます。
OutlookExpress で、[同期設定]を [ヘッダーのみ]設定にした場合、お問い合わせの動作になります。これは、MailWebServer、MWシリーズ固有の問題ではなくOutlookExpressの仕様となり、他のIMAPメールサーバでも発生することを確認しております。