システムドライブの圧縮（ＯＳ標準機能）する際の注意事項を教えてください。

システムドライブを圧縮するとき、ルートディレクトリとWindowsディレクトリを圧縮しないでください。 (Windows Server 2003の Windowsディレクトリは、"Windows"です。)
Windowsファイル保護（WFP）によって、圧縮した際に署名の無いドライバが、署名のあるドライバに置き換えられる場合があります。
GeminiEngine Control Softwareには、本サーバ向けに強化されたドライバ(SCSIドライバなど)が含まれており、上記理由によりドライバが置き換わると動作を保証できなくなりますのでご注意ください。