インストール時に使用するFQDNには、ActiveDirectoryのフルコンピュータ名を使用できますか？

できます。

なお、インストール実行前に、ActiveDirectory参加を一時解除する必要があります。
また、ActiveDirectory参加を一時解除するとフルコンピュータ名からIPアドレスに名前解決できなくなりますので、hostsファイル(%Windir%\System32\drivers\etc\hosts)へ、フルコンピュータ名とIPアドレスの記載をお願いいたします。