{WebOTXインストールディレクトリ}/libにあるcommons-pack.jarを参照し、アプリケーション内でjakarta-commonsのBeanUtilsを使用していますが、tpsystemのログファイルに、以下のようなBeanUtilのログが大量に出力されています。

BeanUtils.copyProperties(***** contain field flag *****
containWarningField = false
containExceptionField = false
***** message data map *****
nothing

ログを出力しなくする方法はどうすればよいでしょうか？

アプリケーションが利用するlog4jの定義が有効になっていない可能性があります。アプリケーションのログファイルに以下のエラーメッセージが出力されていないか確認してください。

log4j:ERROR Could not find value for key log4j.appender.xxxxxx
log4j:ERROR Could not instantiate appender named "xxxxxx".

プロセスグループ上で動作するアプリケーションからｌog4jを利用するためには、以下のファイルに定義を追加します。
{WebOTXインストールディレクトリ}/domains/{ドメイン名} /config/tpsystem/logconf/<アプリケーショングループ名>/-<プロセスグループ名>\log4j.xml

また、Webアプリケーションからcommons-logging,log4jを利用する際の注意点について記載した資料がありますので、併せて参照してください。
・「ログ出力を簡単解決!WebAPからのlog4j利用ガイド」
http://jpn.nec.com/webotx/download/info/WebOTX6_log4j.pdf

【対象製品】Application Server
【確認済みのバージョン】 V6.1 V6.2 V6.3 V6.4 V6.5 V7.1
【確認済みのエディション】 すべて
【確認済みの対象OS】すべて
【確認済みのJavaバージョン】すべて
【コンポーネント】運用管理
【カテゴリー】トラブルシューティング