JDKのバージョンを JDK 5 から Java SE 6 に変更したいと考えていますが、変更はドメインの再起動後に反映されるという認識であっていますか？

また、Javaのバージョンを変更した場合に、ドメインの再作成が必要になる場合などありますか？

${INSTALL_ROOT}\config\asenv.bat のAS_JAVAを変更して起動した時点で、ドメインはJava SE 6で起動します。
また、7.11.02.08 移行のパッチを適用していただいている場合、以下のバグ改修が行われているため、ドメイン再作成の必要はありません。

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2090068
JMX (運用管理)
Java SE 6を使用したWebOTX AS環境において、ユーザアプリケーション
またはサードパーティ製のライブラリにJMX(Java Management Extensions)
ライブラリ(仕様バージョン1.4)が含まれていると、動作時にWebOTXが
バンドルしているJMXライブラリと競合する。
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適用していない場合は、7.11.02.08 移行のパッチを適用するかドメインを再作成してください。
なお、変更手順については、マニュアルの以下の記載をご参照ください。

[ 運用編 > ドメインの運用 > 3. システムに関する設定 > 3.5. Java J2SE の設定 ]

【対象製品】Developer
【確認済みのバージョン】 V7.1
【確認済みのエディション】 Web Edition Standard-J Edition Standard Edition Enterprise Edition
【確認済みの対象OS】すべて
【確認済みのJavaバージョン】Java SE 6.0
【カテゴリー】環境移行