インストール時にポートが競合していたため、環境構築に失敗しましたが、インストール自体は継続させて完了しました。
ant_setup.batを手動で実行したいのですが、注意点等ありますか？

ant_setup.bat を実行せずにWebOTXを再インストールしてください。ant_setup.bat を手動で実行した場合、インストール時に指定したWebコンテナの動作モードに対する設定値が引き継がれず、必ずシングルプロセスモード(スタンダードモード)でセットアップされるためです。従って、マルチプロセスモード(アドバンスドモード)によるセットアップは再インストールが必須です。

【対象製品】Application Server
【確認済みのバージョン】V6 V7 V8
【確認済みのエディション】Web Edition
Standard-J Edition
Standard Edition
Enterprise Edition
Foundation
Standard
Enterprise
【確認済みの対象OS】Windows
【確認済みのJavaバージョン】すべて
【コンポーネント】運用管理
【カテゴリー】運用/設定