OSをシャットダウンする際に、事前にWebOTXのサービスを停止したいと考えています。
この場合、サービス制御マネージャの"WebOTX WebServer2 domain1"サービスを停止すればよいでしょうか。

WebOTXを停止する場合、「WebOTXAgentService」の停止を実行してください。
「WebOTX WebServer2 domain1」はdomain1ドメインで動作しているWebOTX WebServerのサービスです。
「WebOTXAgentService」を停止することで、domain1の停止が行われ、この延長で「WebOTX WebServer2 domain1」も停止されます。

なお、サービスの詳細につきましてはWebOTX V8.3 マニュアルの以下の場所を確認してください。
[ドメイン構築・基本設定ガイド] > [1. Windowsサービスとrcスクリプト]

【対象製品】Application Server
【確認済みのバージョン】V6 V7 V8
【確認済みのエディション】全て
【確認済みの対象OS】Windows
【確認済みのJavaバージョン】すべて
【コンポーネント】運用管理
【カテゴリー】運用/設定