ディレクトリのインストーラの条件分岐処理に不備があり、アップデートされるべきディレクトリ連携モジュールが、新規モジュールとしてインストールされてしまうことで、一部の設定が既定値に戻ってしまうために、本事象が発生しています。
(本問題はStarOffice X V4 では対応済みです。)
以下の手順で対処可能ですので、実施をお願いいたします。
【作業対象サーバ】
・StarOffice X Standardの場合：オールインワンサーバ、またはリソースサーバ
・StarOffice X Enterpriseの場合：ディレクトリマスタサーバ
【対処手順】
1．修正対象ファイルのバックアップ
以下のファイルをバックアップします。なお、バックアップの際は、
・別フォルダにコピーしてバックアップ
・ファイル名の先頭に_をつけてバックアップ（#などでも可）
のいずれかでバックアップをとってください。
※ルールファイルは、ファイル名がcommonruleで始まることで認識されるため、
commonrule_15bcabs.bak などとすると、このファイルもルールとして有効に
なってしまいます）
<StarOfficeフォルダ>\BusinessDirectory\bin\commandrule\commonrule_13search
<StarOfficeフォルダ>\BusinessDirectory\bin\commandrule\commonrule_15bcabs
<StarOfficeフォルダ>\BusinessDirectory\bin\commandrule\commonrule_17search
<StarOfficeフォルダ>\BusinessDirectory\bin\commandrule\commonrule_40presence
2．ポート番号の変更
上記4つのファイル内の、port=61015 の行を port=50999 に変更してください。
アップデート前にマルチサーバ構成設定やタイムアウト設定変更などの設定変更を行っている場合
以下のマニュアルを参照し、設定変更を行ってください。
StarOffice X Standardの場合：
マニュアル「運用管理者編 StarOffice X Standard スタートアップガイド」
「第4章 インストール手順」「Step4 手動で行う作業」の
「9. ディレクトリ連携のタイムアウト設定変更」
StarOffice X Enterpriseの場合：
マニュアル「運用管理者編 StarOffice X Enterprise スタートアップガイド」
「第4章 インストール手順」「Step4 手動で行う作業」の
「3. ディレクトリ連携のマルチサーバ構成設定」
「4. ディレクトリ連携のタイムアウト設定変更」