デフォルトの動作では、同じキーのレコード(同値キーレコード)が複数ある場合、どのレコードが先に出力されるかは不定です。そのため、ご質問のようなソート結果の差異が発生する場合があります。
同値キーレコードの出力順序を固定したい場合、同値キーレコードを入力順で出力するオプションを指定してください。コマンドオプションの場合、-Fオプションで指定します。詳細は、SORTKITのマニュアルを参照してください。
なお、本件は、SORTKITのバージョンアップに限ったことではなく、同一バージョンでも発生する可能性がありますので、ご注意ください。