環境設定ツール(SetInfo.exe)を実行して、「ドメインディレクトリ」や「ポート番号等」を入力し、「OK」ボタンを押して環境設定を行いました。しかし、次に環境設定ツールを再度起動すると、先ほど入力した欄が全て初期値に戻っていました。設定手順に誤りがあるでしょうか？

いいえ、手順に誤りがあった訳ではありません。
環境設定ツールの実行時に「OK」ボタン押下後、「Webサーバの設定情報を変更しました」というメッセージが表示されていれば、正常に更新が行われております。
環境設定ツールは、起動直後は常に初期値を表示する仕様です。

【対象製品】Application Server
【確認済みのバージョン】V6～V9
【確認済みのエディション】全て
【確認済みの対象OS】Windows
【確認済みのJavaバージョン】すべて
【コンポーネント】Webコンテナ
【カテゴリー】運用/設定