Webサーバ複数台構成環境において、オーバーライト適用作業で、1台のWebサーバでポートレットの配備解除を行ったところ、他のWebサーバでも該当ポートレットが参照できなくなってしまいました。
なぜでしょうか？

ポータルの仕様です。
ポートレットの配備解除から、再配備完了までの間は当該ポートレットは存在しない扱いとなり、他のWebサーバでも画面上からは見えなくなります。
この情報はRDBMS上で管理しているため、特定のWebサーバで配備解除をした場合、他Webサーバを動作させると見えなくなります。
なお、オーバーライト適用の際には、すべてのサーバで同じオーバーライトの適用作業が完了してから運用を再開してください。

対象バージョンは以下の通りです。
 - StarOffice X V3.0以降のバージョン