IFASファイルを新規作成する際、小文字でファイル名を指定しても、大文字に変換されてファイルが作成されてしまいます。
ifas_create_is()関数に小文字でファイル名を渡しているのですが、大文字のファイル名でファイルが作成されます。これはIFASの仕様でしょうか？

はい、IFASの仕様です。
Windowsのファイルシステムは大文字/小文字を区別しないため、大文字で作成します。
なお、IFASRDB表のデータベース名は大文字と小文字を区別して処理しています。