Enterprise Vaultのメールボックスアーカイブで用いられるショートカットは、Windowsのショートカットと同じものですか？

異なるものです。Enterprise Vault独自の形式となります。
「ショートカット」と呼ばれていますが、これはWindowsファイル
システム上に作られるものではなく、Exchange Serverまたは
Domino Server上のメールアイテムとして生成されます。