SDE for Batch Java Runtimeで提供されるログ出力部品(FrameworkLog.logMsgIdPut()/FrameworkLog.logPut())を使っていますが、スタックトレースがログに出力されません。
コンソールにはスタックトレースが出力されていますが、どのように設定すればログに出力できるのでしょうか？

スタックトレースは、ログ出力部品では自動で出力されません。スタックトレースをログに出力する場合は、明示的にログ出力処理をフリー記述する必要があります。

以下のコードを参考にしてください。

例）
try{
  ...
}catch(Exception e) {
  StackTraceElement[] st = e.getStackTrace();
  for (int i = 0; i < st.length; i++){
    FrameworkLog.logPut ("D", st[i].getClassName() + "," + st[i].getMethodName() + "()," + st[i].getLineNumber());
  }
}