ジョブが異常終了して手動でリカバリをしたときに、チェックポイント管理テーブル上に不要なレコードが残ってしまいます。
また、リトライ回数チェックファイルが残ってしまいます。
どのように考えればよいでしょうか？

クリーンUPコマンドを呼ぶタイミングと合わせて教えてください。

まず、クリーンUPコマンド(BatchFW_CmdCheckDel/CmdCheckDel)は、ジョブが正常終了しジョブを終える直前で呼び出すべきです。

クリーンUPコマンドはジョブ識別IDを引数とします。そのジョブが正常終了した場合は、もはやリカバリが不要なので、そのジョブ識別IDのジョブに関する不要な情報を削除します。

次に、ジョブが異常終了した際は、チェックポイント管理テーブル上に不要なレコードが残ってしまいます。また、リトライ回数チェックファイルが残ってしまいます。
これらの情報は、異常終了後に「自動で」リカバリをする際に利用する情報であり、そのために残ります(残します)。

しかし、運用上、異常終了時に「手動で」リカバリを行うなどする場合、結果として、不要な情報が残ることになります。

これら運用上生じる不要な情報を、定期的に(例：週一の定期バッチで)不要リソース削除コマンド(BatchFW_CmdDelUselessRes/CmdDelUselessRes)を呼び出して削除頂く考えです。
このコマンドは、日数を引数とし、コマンド呼び出し日から日数分を遡って不要な情報を削除できます。