まず、SystemDirector Enterprise for C Batchの生成コードやランタイムでは、文字コードを意識しておらず、また文字コードを操作する部品は提供しておらず、ただ、文字をバイナリで処理（memcpy()による転記等）します。
なので、例えばファイルを入力し、各入力項目を出力項目に直接転記し、ファイルに出力する場合は、入力ファイルの文字コードのまま出力ファイルに出力します。
もし、入力ファイルがS-JISの文字コードを持っており、これをUTF-8の形式でファイルに出力する場合は、バッチAPの処理中で、明示的に文字コード変換関数を呼び出すなどしてコード変換する必要があります。
(この文字コード変換関数は、SDE for C Batchとしては提供しておりません)
なお、入力がDBの場合は、Pro*C/C++の機能としてクライアント側の文字コードを指定できるので(NLS_LANG環境変数にて)、DBサーバの文字コードがSJISの文字コードであっても入力時（クライアントにデータを取ってくる際）にUTF-8等に変換することができます。