2つ以上のバッチアプリケーションを並行して実行させ、かつ、同一のファイルに出力をしたいです。
同一ファイルに書き込めますでしょうか？
または、自動的に排他がかかるのでしょうか？

例）
    バッチアプリケーションA： テーブルX→ファイルZ
    バッチアプリケーションB： テーブルY→ファイルZ

同一ファイルに正常に書き込める保証はありません。
書き込めたとしても、データが壊れる(分断される)可能性があり、避けるべきです。
ファイルに物理的に書き込む範囲はレコードごとではなくバッファサイズになるためです。

なお、SDE for Batchとしては、ファイル出力時の排他制御機能はありません。