NIASはWindowsのデータ重複除去を有効にしたファイルサーバに対応していますか。

はい。NIASはWindows Serverのデータ重複除去が有効な環境にも対応しています。
ただし、統計検査前にNIASの設定ファイルの変更をして頂く必要がございます。

具体的には
＜NIASインストールフォルダ＞\Crawler\ias-crawler.ini 内の「CrawlSymbolicLinkFlag」と、
＜NIASインストールフォルダ＞\Tools\IASAuthorityOperator.ini 内の「SymbolicLinkFlag」を、
共に「1」に変更していただく必要がございます。
※＜NIASインストールフォルダ＞は既定では、「C:\Program Files (x86)\NEC\NIAS」となります

上記設定を変更して頂いた後に、再度統計検査を実施して頂き、
正しくファイル情報が取得されているかご確認頂けますようお願い致します。