ユーザ毎に使用できるディスク容量を制限できるディスククォータ機能がありますが、ディスククォータの管理はどの単位で可能ですか？

ドライブ単位で可能です。ドライブに対し、ユーザ毎に格納できるデータサイズを制限できます。