IFAS索引順編成ファイルをソートしたいのですが、よい方法を教えてください。

SORTKITならIFAS一般ファイル(順編成/相対編成/索引順編成)を直接入出力できます。
SORTKITの購入を検討されてはいかがでしょうか。