ftサーバの観点では、ウィルス対策ソフトウェアのスキャン除外対象にすべきファイルやフォルダは特にありません。
Windows OSの観点では、以下に参考資料を紹介させていただきますのでご参照ください。なお、参考資料に記載されておりますが、設定変更によって、コンピューターやネットワークが悪意のある利用者やウィルスなどの悪質なソフトウェアからの攻撃を受けやすくなる場合があります。参考資料に記載された内容はお客様のご判断で使用されることを前提に提示されているものであり、これを推奨するものではありません。お客様の責任において使用をご検討ください。
参考資料
- 現在サポートされているバージョンの Windows を実行しているエンタープライズコンピューターでウイルススキャンを行う場合の推奨事項
http://support.microsoft.com/kb/822158