セットアップ後に「プログラム互換性アシスタント」の「このプログラムは正しくインストールされなかった可能性があります」というメッセージが表示されます。何か問題が発生しているのでしょうか？

このメッセージはインストールの結果に依らずＯＳにより表示されるものであるため、WinShareのセットアップが正常終了したのであればなんら問題はありません。
「このプログラムは正しくインストールされました。」を選択しメッセージを閉じてください。