物理サーバの内蔵ディスクで障害が発生した場合、HDD交換後のRAID再構成は、
利用者側での対応となるのでしょうか？

現地作業員の対応は障害ディスクの交換作業のみとなります。
RAIDの再構成等の設定は、お客様にて実施して頂く必要が有ります。

作業責任範囲につきましては、「物理サーバサービス サービス仕様書」 4章 責任範囲をご確認ください。

物理サーバサービス サービス仕様書(「4.1.4　システムディスク/増設内蔵データディスクの作業責任範囲」)
　
（キーワード）
NECCI 物理サーバ ディスク障害