NEC Cloud IaaSデフォルトのZabbixエージェントを削除し、
ユーザ独自のZabbixエージェントをインストールすることは可能でしょうか？
(NEC Cloud IaaSのサポート面で問題ないでしょうか）

各標準パラメータシートに記載がございますとおり、
ZabbixAgentは設定変更不可のパッケージとなりますので、
削除/インストール/設定変更はできません。

設定変更は、お客様責任となります。
HAサーバサービスにてご提供のサーバは、zabbixは監視だけでなく、
NTPにも使用しているので、時刻同期の設定は、
お客様保有のNTPサーバに設定しないでください。

NECCI Zabbixエージェント