CPU・メモリ・ディスクのリソース監視において、
異常判定の値は直前の監視間隔時間の平均値における値で行われるのでしょうか？
あるいは監視時点の値によって行われるのでしょうか？

CPUは平均値（監視間隔の1分前からの平均値）となります。
※間隔を５分にしても、１分前からの平均値が取得される。
MemoryとDiskはその都度取得した値です。

NECCI リソース監視 判定値