HAサーバにおいて、システムディスクのI/O性能を向上させる方法はあるでしょうか？

システムディスクのI/O性能を向上させる方法はございません。

NEC Cloud IaaS サービス仕様書　サーバサービス（ＨＡ）編に記載されているように、
頻繁にアクセスするファイルは、パフォーマンスの観点から、
システムディスクではなくデータディスクへの格納を推奨します。

(キーワード)
NECCI、システムディスク、パフォーマンス