監視設定機能の課金について、
「死活監視、リソース監視、プロセス監視、ログ監視、NW 機器監視は、1 つの監視設定に対して、1つの契約が必要です。1 つのサーバに対して複数の監視設定を行う場合でも、監視設定分の契約が事前に必要」
という認識でおります。

これは、例えば、１つのサーバに対して死活監視でPing監視、Port監視、Web監視を行う場合は契約数は3で申し込む必要があるということでしょうか？

はい、ご認識のとおり、3つ分の監視契約が必要です。

(キーワード)
NECCI、監視機能、契約数