契約数量のうち一部のみバージョンアップできますか。

基本的にはできます。
ただし、製品のライセンスやサポートの定義によってはできない場合があります。

例えば、サーバ・クライアント型の製品で、サーバとクライアントでバージョンを合わせる必要等の条件がある場合は異なるバージョンの混在が許されません。
また、異なるバージョンの混在について動作・サポート上の制約がある場合も同様です。